Die Geschichte der Hallig Nordstrandischmoor beginnt mit einer der größten Katastrophen, die die Nordseeküste jemals erlebt hat. In der Nacht vom 11. auf den 12.Oktober 1634 suchte eine schwere Sturmflut die alte Insel Strand (Alt-Nordstrand) heim. In dieser Nacht brachen auf der Insel die schlecht gebauten Deiche an 44 Stellen und als der Morgen kam, war die Insel verschwunden bzw. regelrecht in vier Teile „zerbrochen“. 

In der Orkannacht bot „dat wüste Moor“ vielen Nordstrandern eine Zufluchtsmöglichkeit. In den folgenden Jahren siedelten sich hier einige Überlebende der großen Orkanflut an. Die Hallig Nordstrandischmoor hatte ihre ersten Bewohner.

Um in den stürmischen Herbst- und Wintermonaten nicht den beschwerlichen Weg in die Odenbüller Kirche auf Nordstrand antreten zu müssen wurde 1656 mit großherzoglicher Genehmigung eine eigene Kirche gebaut. Die Gelder dafür resultierten aus dem Verkauf von im Watt gefundenen Resten der Alt-Nordstrander Kirchen. Viermal wurden bis 1825 die Kirchen auf Nordstrandischmoor durch Sturmfluten zerstört, danach entschloss man sich keine neuen mehr zu bauen. Seitdem gehört die Hallig zur Kirchengemeinde Odenbüll auf Nordstrand. Beerdigungen gab es allerdings bis ins 20. Jahrhundert. Der gut erhaltene Halligfriedhof in der Nähe der Amalienwarft zeugt noch heute davon.

Neben den geistlichen Pflichten nahmen die Pastoren anfangs auch die Funktionen eines Lehrers wahr. Erst im Jahre 1822 kam der erste ausgebildete Pädagoge auf die Hallig. Seitdem gibt es auf Nordstrandischmoor eine Schule, die heute mit nur zwei Schülern zu den kleinsten auf der Welt gehört. Traurige Berühmtheit erlangte Lehrer August Theede, der im Alter von 37 Jahren am 23. Juli 1907 auf dem Weg vom Festland zur Hallig ertrank.

Im Laufe der Jahrhunderte zerrte der „Blanke Hans“ immer wieder mit Macht an Nordstrandischmoor, so dass von dem ursprünglich 500 ha großen Stück Land heute noch gut 170 ha übrig sind. Mit dem Verlust vom Land ging der Verlust von Menschen einher. Hatten nach der Weihnachtsflut von 1717 noch 126 Personen auf Nordstrandischmoor gelebt, so schrumpfte die Einwohnerzahl mit der Halligflut 1825, bei der ein Großteil der Halligbevölkerung starb, auf 31. Nach 1825 waren bei Sturmfluten zwar keine Menschleben mehr zu beklagen, die Einwohnerzahl ging jedoch bis heute auf 18 zurück.

Lange Zeit gab es keine wirkungsvollen Maßnahmen zur Befestigung von Nordstrandischmoor. Erst 1914 begannen die Sicherungsarbeiten, die mit dem Ausbruch des Ersten Weltkrieges ins Stocken gerieten. Zwischen 1926 und 1935 wurde die Steinkante, die die Hallig auch heute noch vor Landverlust bewahrt, gebaut. Gleichzeitig erhielt Nordstrandischmoor eine Lorenverbindung zum Festland, die „Lebensader durchs Watt“.